申請入讀群育學校的程序有別於其他特殊學校。社工或輔導人員須透過「群育學校/ 院舍服務中央統籌轉介系統」,向教育局及社會福利署提交入學申請 (如個案不需要寄宿服務,則只須向教育局申請 )。有關申請會由評審小組審議,如獲批准,便會由特殊教育支援第二組的督學將個案送交有關的群育學校,以便安排兒童入學。
肢體傷殘兒童學校和聽障兒童學校皆設有高中班級。在這些學校修讀主流課程的學生在中三結業後,可考慮升讀原校或同類學校的中四班級。至於視障兒童學校則會協助校內的中三學生向主流學校申請中四學位,並為有關學校提供資源教師訪校服務。